La région côtière
La côte ouest péruvienne, très aride, peu élevée, est délimitée par l'océan Pacifique et bordée de collines à l'ouest et par les Andes plus à l'est. En raison de la nature des sols et du climat sec, les habitations sont concentrées en quelques points côtiers et le long des cours d'eau qui descendent vers le Pacifique ainsi qu'au niveau de leurs embouchures. Une quarantaine de vallées descendent en effet des Andes vers le Pacifique où se situent les principales villes : Lima, Trujillo, Ica et Tacna. Dans sa partie nord, la zone côtière est constituée d'un bas plateau issu d'une faille géologique, et pourvue d'une terre arable irrigable presque partout.
Dans la partie sud de la région côtière péruvienne, une étroite chaîne de montage longe le Pacifique. Au relief accidenté, elle est entaillée par endroit de gorges bien marquées et constitue une des principales sources de revenus du Pérou, grâce à son sous-sol riche en nitrates et à ses cultures de coton, de canne à sucre et de riz. Les eaux littorales, fort poissonneuses, ont fait du Pérou un des premiers pays exportateur d'anchois.
Le courant froid de Humboldt entraîne la formation, de mai à novembre, d'une épaisse couche de nuages qui ne se condense que très rarement en pluie. Les températures côtières sont douces et de faible amplitude dans le nord (18°C de moyenne annuelle à Lima). Si les précipitations sont rares, l'humidité constante (88% en moyenne dans la capitale) produit un fin crachin, la garúa, et des brouillards denses en hiver. En revanche, lorsque El Niño, le courant chaud en provenance de l'équateur, frôle le littoral, éclatent d'impressionnants orages. Le littoral est souvent plus sec, plus brumeux et plus frais dans le sud. Au dessus de 600 m, le désert est ensoleillé et les températures diurnes et nocturnes plus contrastées.

On distingue plusieurs étages écologiques en fonction de l'altitude. Au dessus de 4800 m d'altitude (étage cryonival, ou janca), le froid empêche le développement de la végétation et les sommets sont souvent couverts de glace.
Entre 3800 et 4800 m, s'étendent les hauts plateaux steppiques de la puna. Le versant oriental est plus sec que le versant occidental. Dans ces régions, les gelées nocturnes sont fréquentes et les précipitations variables (de 300 à 600 mm). La puna sèche est le domaine de l'élevage extensif des camélidés, lamas et alpagas et des ovins.
L'ancien terroir des paysans indiens (quechua entre 2500 et 3400 m, suni entre 3400 et 3800 m) jouit d'un climat plus tempéré (10 à 15°C en moyenne). On y cultive céréales (blé, orge), tubercules et luzerne, mais aussi maïs dans les zones les plus basses. La culture se fait en terrasse et dans les vallées, l'irrigation pallie le manque de précipitations et permet d'allonger la saison agricole.
Enfin, au dessous de 2500 m, s'étend une zone désertique, plantée d'épineux, appelé yunga. Les températures moyennes y sont supérieures à 16°C. La yunga humide du flanc amazonien est couverte de forêts trouées de plantations de café, de coca, d'agrumes et de cultures vivrières. Dans la yunga sèche, l'irrigation permet la culture du coton, du maïs et de fruits.
La sierra connaît deux saisons marquées : l'été ensoleillé entre avril et octobre, la meilleure période pour circuler. L'autre saison, de novembre à mars, appelée à tort "hiver" est pluvieuse et les écarts de température y sont parfois importants (de -3°C au lever du jour jusqu'à 24°C dans l'après midi).